Dal 1993 il Centro Agricoltura Ambiente si occupa di progettazione, realizzazione e gestione di interventi di rinaturazione (creazione di nuovi ecosistemi) e rinaturalizzazione (miglioramento di ecosistemi già strutturati).  Prima di provvedere alla messa in atto di nuovi assetti ecosistemici viene, infatti, posta grande attenzione a quanto già esistente: la sua contestuale tutela e valorizzazione costituisce una opzione metodologica che garantisce la conservazione delle preesistenze, un risparmio economico in termini di realizzazione delle opere progettuali, una ottimizzazione della valorizzazione naturalistica e della fruizione pubblica dell'area, nonché una reale esecuzione di opere di recupero ambientale che non rischino di compromettere situazioni pregevoli per ricostuirne altre. Il Settore Recupero e Gestione Ambientale si occupa, inoltre, di tutti gli aspetti connessi alla conoscenza degli habitat naturali e semi-ambientali, nonché di consulenza a enti pubblici e privati per la gestione e valorizzazione di singoli ambiti, di ampi comprensori o del territorio vasto.